Biserica mănăstirii Făgeţel cu hramul Sfânta Treime” a fost construită în anul 1903 din piatră şi cărămidă, fiind ctitoria unei creştine văduve, pe nume Rozalia. Timp de 28 de ani, ea a servit drept capelă particulară. În 1932, prin grija şi efortul părintelui Dionisie Şova, se fac lucrări de reparaţie a bisericii şi se construiesc chilii şi alte anexe gospodăreşti, constituindu-se un frumos schit monahal.
În anul 1936, a fost sfinţită de ÎPS Nicolae Bălan al Ardealului, în vederea fondării acestui schit de călugări, stareţ fiind ieromonahul Dionisie Şova. După Dictatul de la Viena, în 1940, mănăstirea devine sediul garnizoanei ungureşti și se întrerupe viaţa monahală a schitului. Ieromonahul Dionisie Şova, retras la mănăstirea Bogdana, se întoarce singur la mănăstirea Făgeţel în anul 1946 şi reia viaţa schitului. În anul 1951, părintele Dionisie trece la cele veşnice, iar viaţa monahală a schitului se întrerupe pentru a doua oară şi pentru o perioadă mare de timp.
După înfiinţarea Episcopiei Ortodoxe a Covasnei şi Harghitei, în 1994, prin strădania PS Ioan, în anul 1995, un grup de călugări de la Mănăstirea „Sfântul Ilie Topliţa” este transferat la Făgeţel şi se reia astfel firul vieţii monahale în acest schit, care începând cu acea dată devine Mănăstirea Făgeţel, avându-l ca stareţ pe ieromonahul Andrei Moldovan şi econom pe ieromonahul Ghelasie Mureşan. Mănăstirea primeşte şi al doilea hram „Tăierea capului Sfântului Ioan Botezătorul”.
În perioada 1995-2002, s-au efectuat lucrări de construcţie, îmbunătăţire, consolidare şi pictare a mănăstirii, prin purtarea de grijă a PS Ioan, cu fonduri de la Centrul Eparhial, Secretariatul de Stat pentru Culte şi credincioşi din toată ţara, un ajutor deosebit fiind primit din partea conducerii Societăţii Petrom – Moineşti prin inginerul Boris Nazarevici. Dintre lucrările efectuate menţionăm: s-a refăcut şi pictat biserica; s-au efectuat lucrări la acoperiş şi faţade exterioare; biserica a fost împodobită cu catapeteasmă şi mobilier sculptate din lemn de stejar; s-au efectuat lucrări de pictură în frescă realizate de pictorii Mihai Chioaru şi Dumitru Macavei, cheltuielile fiind suportate de inimosul creştin inginerul Dumitru Badea; s-a ridicat un corp de chilii cu trapeză şi bucătărie, precum şi o gospodărie anexă; în 1998, s-a construit clopotniţa cu chiliile de la intrarea în mănăstire; trapeza, clopotniţa şi pridvorul bisericii au fost pictate de pictorul Ovidiu Preotescu, iar exteriorul chiliilor a fost pictat de fraţii Ioan şi Petru Paşcu; în perioada 2002-2005, s-a ridicat zidul construit din piatră cu streaşină de ţiglă care străjuieşte mănăstirea.
Părinţii mănăstirii au fost sprijiniţi în realizarea acestor lucrări de Unitatea militară de la Lunca de Sus și Unitatea de Jandarmi din Miercurea-Ciuc. Slujba de sfinţire s-a săvârşit de către PS Ioan la 29 august 1999, de ziua hramului „Tăierea capului Sfântului Ioan Botezătorul”, înconjurat de un sobor de 52 de preoţi din Episcopia Covasnei şi Harghitei şi din părţile Moldovei şi Ardealului. La slujba Sfintei Liturghii arhiereşti, stareţul mănăstirii, ieromonahul Andrei Moldovan a fost hirotesit şi ridicat la rangul de protosinghel. În perioada 1995-2008, la hramurile Sfintei Mănăstiri au participat, alături de PS Ioan şi PS Cristofor al Cehiei şi Moraviei, PS Ioachim al Huşilor, PS Ioachim al Romanului.
În anul 2000, odată cu sfinţirea Mănăstirii de la Izvorul Mureşului, Mănăstirea Făgeţel a primit vizita Preafericitului Teoctist, Patriarhul Bisericii Ortodoxe Române. Alte personalităţi bisericeşti şi laice care au vizitat mănăstirea: ÎPS Iosif al Europei Occidentale şi Meridionale; ÎPS Andrei al Clujului, Maramureşului şi Sălajului; PS Macarie al Europei de Nord; PS Sofian, vicar al Germaniei, Europei Centrale şi de Nord, PS Calinic al Argeşului, PS Casian al Galaţiului, PS Irineu al Râmnicului, PS Visarion Răşinăreanu, miniştri, secretari de Stat pentru Culte, Mircea Anghelescu şi Adrian Lemeni.
În 1996, ierodiaconul Ghelasie Mureşan a fost hirotonit de către PS Ioan ieromonah, iar în 2001, la hramul din 29 august, a fost hirotesit protosinghel. În anul 2005 Preacuviosul Andrei Moldovan este numit Exarh al mănăstirilor din Episcopia Covasnei şi Harghitei, iar la 29 august 2006 este hirotesit arhimandrit. În perioada 2002-2005, părintele stareţ Andrei Moldovan a făcut studii postuniversitare la Facultatea de Teologie Ortodoxă din cadrul Universităţii Aristotel din Salonic, Grecia. În anul 2008, a fost ales episcop-vicar al Arhiepiscopiei Sibiului cu titlul de „Făgărăşanul”. La 15 august 2008, Preacuviosul Arhimandrit Andrei Moldovan a fost hirotonit în treapta de episcop vicar al Arhiepiscopiei Sibiului, de praznicul „Adormirea Maicii Domnului”, la Mănăstirea „Brâncoveanu” de la Sâmbăta de Sus.
În prezent, stareţul mănăstirii este protosinghelul Ghelasie Mureşan, iar obştea mănăstirii numără 7 vieţuitori, dintre care trei ieromonahi, doi monahi şi doi fraţi novici.
În data de 9 septembrie 2013, s-a pus temelia unui nou sfânt lăcaş, cu hramul „Tăierea capului Sfântului Ioan Botezătorul”, proiectat de arhitect Aurel Nan, din Miercurea-Ciuc. Biserica nouă, în formă de navă cu abside laterale şi o singură cupolă, după doar 12 luni, este finalizată, în roşu, cu ajutorul credincioşilor din întreaga ţară. La momentul de față Așezământul a îmbrăcat haina picturii, așteptând a fi desăvârșită prin sfințire.
