Vechi aşezământ monahal de pe Valea Superioară a Mureşului, Mănăstirea Doamnei a fost ctitorită de Doamna Safta, soţia voievodului Gheorghe Ştefan al Moldovei (1653-1658), în anul 1658, pe locul unei mai vechi așezări monahale, ale cărei ruine se mai vedeau pe la mijlocul secolului al XIX-lea. În anul 1958, Mănăstirea a fost restaurată prin râvna stareţului Mănăstirii „Sfântul Ilie”, Topliţa.
Mănăstirea a fost resfinţită de către PS Emilian Antal, nepotul Patriarhului Miron Cristea, la 21 noiembrie 1958. Între 1994-1999, Mănăstirea a funcţionat ca schit sub oblăduirea Mănăstirii „Sfântul Ilie” Topliţa, egumen avându-l pe ieromonahul Viorel Victor Anton. În anul 1999, schitul a fost declarat Mănăstire de maici, cu viaţă de obşte, Preasfinţitul Ioan redând Mănăstirii Doamnei o nouă identitate.
Biserica de lemn a Mănăstirii este un valoros exemplar al arhitecturii de lemn din regiune. Restaurat în ultimii ani, interiorul a fost complet repictat în anul 1984. S-a păstrat o bună parte a vechiului iconostas, care a avut o veche inscripţie: „Această sfântă biserică s-a acoperit şi catapeteasma s-au zugrăvit prin cheltuiala mai micului între fraţi şi smerit Nicodim, pentru iertarea păcatelor sale 1755, luna iunie 25 zile”.
Dintre lucrările de construcţie amintim: o bucătărie, o trapeză (sală de mese) și două beciuri (2001); repararea acoperişului bisericii, al paraclisului de vară şi al chiliilor; în anul 2004, s-a construit casa duhovnicului; în anul 2006, lângă casa stăreţiei s-au construit două dependinţe; în anul 2008, deasupra chiliilor s-a construit o mansardă cu 15 chilii şi două dependinţe; s-au executat lucrări de reparaţii şi schimbare a acoperişului la corpul de chilii; s-a construit un garaj şi o magazie de lemne.
În octombrie 2013 s-a pus piatra de temelie a unei biserici noi, cu hramul „Nașterea Maicii Domnului”, care are la demisol un paraclis închinat Sfântului Ioan Maximovici, Arhiepiscop de Shanghai și San Francisco, din ale cărui sfinte moaște s-a primit o părticică, cu binecuvântarea Arhiepiscopului Kiril al Americii de Vest. Biserica cea nouă este construită din cărămidă, în stil moldovenesc, iar în prezent se lucrează la turla principală.
Biblioteca Mănăstirii are un fond bogat de carte, cuprinzând peste 1000 de titluri de carte teologică, reviste teologice la care Mănăstirea are abonamente anuale. La 8 septembrie, în fiecare an se serbează praznicul Naşterii Maicii Domnului, hramul Mănăstirii, la care slujeşte IPS Ioan, fiind prezenţi credincioşi din localitate şi împrejurimi. În luna iulie 2009, Mănăstirea Doamnei a găzduit tabăra „Crucea din fereastră”, Ediţia a III-a, cu participarea unui număr de 10 pictori din Târgu Mureş.
Mănăstirea are 7 vieţuitoare, stareţă fiind monahia Ecaterina Murariu.
